Тарифы будут дифференцироваться по типу вагонов, их принадлежности, виду отправок, степени использования грузоподъемности вагонов, особым условиям перевозок, их скорости и расстоянию, другим параметрам. Устанавливаются единые тарифы для всех пользователей на территории России без учета затрат на содержание вагонного парка. Плата за использование вагонного парка устанавливается в прейскуранте.
Грузовые компании будут определять для своих клиентов плату за услуги в зависимости от их состава и качества. Плата должна покрывать расходы, связанные с содержанием и эксплуатацией подвижного состава, оказанием услуг грузовладельцам.
Пассажирские железнодорожные тарифы представляют собой установленную плату и сборы за перевозку пассажиров, багажа и грузобагажа. Пассажирские тарифы включают в себя общий тариф, применяемый при проезде во всех поездах прямого и местного сообщений, и пригородный тариф – при проезде в пригородных поездах. Последний, в свою очередь, подразделяется на зонный тариф, который применяется в пригородном сообщении крупных городов, покилометровый, общий тариф на участках, где не установлен зонный или покилометровый тариф, и абонементный тариф.
Тарифы пассажирского железнодорожного транспорта зависят от вида перевозок (дальнего следования, местного сообщения, пригородные перевозки).
Тарифы на перевозку пассажиров в поездах дальнего следования дифференцируются в зависимости от скорости поезда и типа вагона. В настоящее время перевозки пассажиров на железнодорожном транспорте убыточны. Убытки от пассажирских перевозок составляют 15–16%.
Регулирование тарифов на перевозку пассажиров в дальнем следовании осуществляется Минэкономики и Минфином России по представлению Министерства путей сообщения. При индексации пассажирских тарифов принимается во внимание рост реальных доходов населения. Повышение пассажирских тарифов отставало от роста тарифов на грузовые перевозки. Право регулирования тарифов на перевозки пассажиров в поездах пригородного сообщения предоставлено субъектам Российской Федерации при условии возмещения убытков, возникающих вследствие регулирования тарифов, из соответствующих бюджетов. Однако на практике пригородные тарифы, как правило, не покрывают затраты, и убытки компенсируются за счет доходов от грузовых перевозок.