Кроме пассажирских перевозок «Аэрофлот» выполнял в СССР и все иные виды авиационных работ. В состав «Аэрофлота» входила сельскохозяйственная авиация страны, осуществлялись уникальные перевозки сверхтяжёлых грузов для советской космической программы, обслуживание нефтяных и газовых морских платформ, исследование природных ресурсов; транспортировка военных грузов и личного состава; исследования атмосферы, воздушное патрулирование отдалённых областей и другие авиационные работы. Помимо пассажирских лайнеров авиакомпания эксплуатировала сотни вертолётов и грузовых самолётов. Самолёты Аэрофлота перевозили высшее партийное руководство СССР, в том числе и Генерального секретаря.
15 сентября 1983 специальным указом Рональда Рейгана Аэрофлоту было запрещено выполнять рейсы в/из США. Это было связано с инцидентом, когда над территорией СССР был сбит корейский «Боинг», произошедшим двумя неделями ранее. Советские самолёты не приземлялись в Соединённых Штатах до 2 августа 1990.