Боинг 767—300

В начале 90-х Аэрофлот был снова реструктурирован, при этом большую автономию получали отдельные авиаотряды. Это обстоятельство и распад Советского Союза привели к тому, что в 1992 крупнейшая в мире (и в истории) авиакомпания, к концу 80-х перевозившая до 130 миллионов пассажиров, распалась на более чем 300 отдельных авиакомпаний. Некоторые из этих компаний были настолько малы, что их парк не превышал 1-2 самолётов.

В 1994 «Аэрофлот» был реорганизован в акционерное общество и подвергся частичной приватизации. 51 % акций остался за государством. В 90-х авиакомпания по большей части занималась международными перевозками, но по мере того, как мелкие авиакомпании, отколовшиеся от «Аэрофлота», прекращали свою деятельность в регионах, «Аэрофлот» постепенно расширял свою внутрироссийскую маршрутную сеть.

Во второй половине 90-х в «Аэрофлоте» разразился скандал, связанный с присвоением свободных валютных средств авиакомпании в размере 252 миллионов долларов швейцарской фирмой «Андава», основными акционерами которой являлись топ-менеджеры «Аэрофлота» и Борис Березовский. По версии Генеральной прокуратуры, бывшее руководство «Аэрофлота», «введя в заблуждение» генерального директора авиакомпании Евгения Шапошникова, убедило его перевести эти средства на счёт указанной компании. В марте 2004 был вынесен приговор. Подсудимые получили от полутора до 3 лет лишения свободы и были освобождены от отбытия наказания за истечением срока давности и по амнистии. Однако приговор не устроил ни одну из сторон, и через 2 месяца Московский городской суд направил дело на новое рассмотрение.