На рубеже ХХ и ХХI веков в истории ЮУЖД отразились все этапы сложного периода экономической и политической жизни страны. В начале 1990-х гг. ЮУЖД в целом хоть и работала стабильно: обновляла локомотивный парк, модернизировала оборудование депо и оснастку пути, строила жилье, но, как и многие предприятия страны, ощущала утрату перспектив. Предпринимаемое Правительством страны реформирование народного хозяйства принесло неоднозначные результаты.
Дорога тяжело входила в рынок. В таких условиях проблемы инженерные и технические отошли на второй план, главными стали экономические: как снизить издержки производства, добиться эффективного использования трудовых ресурсов, чем привлечь новых заказчиков, как использовать новейшие достижения науки и техники для повышения эффективности работы дороги. Удачное их решение привело к тому, что с середины 1990-х гг. производственно-экономические показатели ЮУЖД пошли постепенно вверх. Общий объем погрузки стал возрастать. Итоги последних 5 лет показали, что дорога преодолела самый сложный этап перехода в новую реальность. Одна из главных задач ЮУЖД - полностью обеспечить перевозки продукции крупнейших в регионе предприятий.
В целях совершенствования работы в соответствии с "Концепцией структурного реформирования железнодорожного транспорта", предложенного МПС России, в ближайшее время предстоит ряд преобразований. Кардинальные изменения будут внесены в диспетчерское управление перевозками, что позволит увеличить пропускную способность магистрали. Для эффективного распределения перевозочных ресурсов совершенствуется технология работы с соседними дорогами.
В рамках комплексной программы информатизации российских железных дорог МПС РФ в 2000 г. на ЮУЖД проложено было более 1000 км волоконно-оптических линий, в последующие годы оснащение дороги подобной связью продолжалось. Одновременно велись работы по созданию спутниковой системы связи для резервирования волоконной оптики. Монтировалась новая цифровая АТС. На ЮУЖД внедряются информационные технологии, которые позволят ввести системы, организующие слежение за дислокацией вагонного и контейнерного парков. Завершена работа по реорганизации дорожной дирекции по обслуживанию пассажиров. Стало возможным централизованно решать проблемы пассажирских перевозок. Большое внимание уделяется реконструкции и строительству посадочных платформ, ремонту вокзалов, прежде всего в Челябинске.
В настоящее время Южно-Уральская железная дорога входит в число авторитетных железных дорог России. Она включает 4 отделения: Челябинское, Курганское, Оренбургское, Петропавловское и проходит по территории семи субъектов России и Северного Казахстана. На ЮУЖД трудятся более 80 тысяч человек. Развернутая длина магистрали достигает почти 8000 километров.
Ежесуточно по Южно-Уральской железной дороге из Европы в Азию и обратно перевозятся миллионы тонн жизненно важных грузов, в путь отправляется около 14 000 человек, а летом до 20-25 000 пассажиров.
Федеральное государственное унитарное предприятие "Южно-Уральская железная дорога МПС РФ" уверенно вступила в новый век. По всем основным показателям она входит в число лучших железных дорог России.
Основные показатели за 2009 год:
Эксплуатационная длина - 4806,6 км
Численность сотрудников - 46451 человек
Средняя заработная плата - 21725 рублей
Перевезено грузов - 254,2 млн тонн
Перевезено пассажиров: в дальнем сообщении - 14, 713 млн человек, в пригородном сообщении - 19,472 млн человек.
Южно-Ура́льская желе́зная доро́га — один из филиалов ОАО «РЖД», железная дорога пролегающая по территории Оренбургской и Челябинской областей, по части Курганской и Свердловской областей, Башкирии и Казахстана. Управление дороги находится в Челябинске.